<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?><rss version="2.0" xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom"><channel><title>分子动力学 on PlumePHP</title><link>https://plumephp.com/tags/%E5%88%86%E5%AD%90%E5%8A%A8%E5%8A%9B%E5%AD%A6/</link><description>Recent content in 分子动力学 on PlumePHP</description><generator>Hugo</generator><language>zh-CN</language><lastBuildDate>Mon, 28 Sep 2026 10:00:00 +0800</lastBuildDate><atom:link href="https://plumephp.com/tags/%E5%88%86%E5%AD%90%E5%8A%A8%E5%8A%9B%E5%AD%A6/index.xml" rel="self" type="application/rss+xml"/><item><title>分子动力学仿真：GROMACS 与 LAMMPS 并行加速实践</title><link>https://plumephp.com/hpc-molecular-dynamics/</link><pubDate>Mon, 28 Sep 2026 10:00:00 +0800</pubDate><guid>https://plumephp.com/hpc-molecular-dynamics/</guid><description>&lt;h2 id="引言"&gt;引言&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;&lt;strong&gt;分子动力学（Molecular Dynamics, MD）&lt;/strong&gt; 用牛顿定律数值积分粒子的运动，是蛋白质、材料、药物设计领域最常用的仿真工具。MD 的计算特征是「短程相互作用为主 + 每步计算量大 + 需跑数百万步」——天然适合并行，也把「邻居列表、域分解、GPU 加速」这些 HPC 经典技术全部用上。&lt;/p&gt;</description></item></channel></rss>