GROMACS

分子动力学仿真：GROMACS 与 LAMMPS 并行加速实践

分子动力学（MD）是 HPC 最经典的科学应用之一。本文系统讲解 MD 仿真原理：牛顿积分与力场、邻居列表与域分解并行、GROMACS 与 LAMMPS 的并行加速（OpenMP/MPI/GPU）、PMe 静电与约束算法、Amber 力场选择、性能调优与千万原子规模仿真，以及 MD 工作负载对 HPC 架构的启示。